Маркерная оценка внутристадного родства и сигналов недавнего демографического сужения у овец андийской породы по данным 12-локусной STR-панели

В статье представлены маркерная оценка внутристадного родства и диагностика признаков недавнего демографического сужения у овец андийской породы по данным 12-локусной STR-панели. Материалом исследовании служили 40 овцематок андийской породы, генотипированных по 12 аутосомным STR-локусам. Средний FIS по панели составил 0.026. Для 780 уникальных попарных сравнений среднее значение r составило 0.305, медиана – 0.292, доля пар с r ≥ 0.25 достигала 78.8%, а 58 пар находились в интервале 0.45-0.55. Агрегированное распределение частот аллелей имело L-образный профиль без смещения моды, средний M-ratio составил 0.730, медиана – 0.733, что не поддерживает гипотезу о недавнем сильном демографическом сужении. Полученные результаты указывают на заметную внутристадную родственную связанность при отсутствии признаков недавнего резкого демографического сужения. Основные генетические риски для исследуемого стада, вероятно, связаны не с недавней демографической катастрофой, а с семейственной структурой и ограниченным использованием производителей. Практическая значимость работы заключается в обосновании необходимости регулярного маркерного мониторинга родственных связей при сохранении и племенном использовании овец андийской породы.

1. FAO. The second report on the state of the world's animal genetic resources for food and agriculture. Rome: FAO Commission on Genetic Resources for Food and Agriculture Assessments, 2015:562.

2. Groeneveld L.F., Lenstra J.A., Eding H. et al. Genetic diversity in farm animals – a review. Animal Genetics. 2010;41(s1):6-31. https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2010.02038.x

3. MacHugh D.E., Loftus R.T., Bradley D.G. et al. Microsatellite DNA variation within and among European cattle breeds. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 1994;256(1345):25-31. https://doi.org/10.1098/rspb.1994.0044

4. Blouin M.S., Parsons M., Lacaille V., Lotz S. Use of microsatellite loci to classify individuals by relatedness. Molecular Ecology. 1996;5(3):393-401. https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.1996.tb00329.x

5. Blouin M.S. DNA-based methods for pedigree reconstruction and kinship analysis in natural populations. Trends in Ecology & Evolution. 2003;18(10):503-511. https://doi.org/10.1016/S0169-5347(03)00225-8

6. Van Oosterhout C., Hutchinson W.F., Wills D.P.M., Shipley P. MICRO-CHECKER: software for identifying and correcting genotyping errors in microsatellite data. Molecular Ecology Notes. 2004;4(3):535-538. https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2004.00684.x

7. Wagner A.P., Creel S., Kalinowski S.T. Estimating relatedness and relationships using microsatellite loci with null alleles. Heredity. 2006;97:336-345. https://doi.org/10.1038/sj.hdy.6800865

8. Peakall R., Smouse P.E. GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research—an update. Bioinformatics. 2012;28(19):2537-2539. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts460

9. Cornuet J.-M., Luikart G. Description and power analysis of two tests for detecting recent population bottlenecks from allele frequency data. Genetics. 1996;144(4):2001-2014. https://doi.org/10.1093/genetics/144.4.2001

10. Luikart G., Allendorf F.W., Cornuet J.-M., Sherwin W.B. Distortion of allele frequency distributions provides a test for recent population bottlenecks. Journal of Heredity. 1998;89(3):238-247. https://doi.org/10.1093/jhered/89.3.238

11. Garza J.C., Williamson E.G. Detection of reduction in population size using data from microsatellite loci. Molecular Ecology. 2001;10(2):305-318. https://doi.org/10.1046/j.1365-294X.2001.01190.x

12. Volkova V.V., Abdelmanova A.S., Deniskova T.E. et al. Investigation of the genetic diversity of Dagestan Mountain cattle using STR-Markers. Diversity. 2022;14(7):569. https://doi.org/10.3390/d14070569

13. Marković M., Radonjić D., Zorc M. et al. Genetic diversity of Montenegrin local sheep breeds based on microsatellite markers. Animals. 2022;12(21):3029. https://doi.org/10.3390/ani12213029

14. Mihailova Y., Rusanov K., Rusanova M. et al. Genetic diversity and population structure of Bulgarian autochthonous sheep breeds revealed by microsatellite analysis. Animals. 2023;13(11):1878. https://doi.org/10.3390/ani13111878

15. Sztankoová Z., Milerski M., Vostrý L., Rychtářová J. Genetic diversity and population structure of nine local sheep populations bred in the Carpathia area of Central Europe revealed by microsatellite analysis. Animals. 2025;15(16):2400. https://doi.org/10.3390/ani15162400

16. Bora S.K., Tessema T.S., Girmay G. Genetic diversity and population structure of selected Ethiopian indigenous cattle breeds using microsatellite markers. Genetics Research. 2023;2023:1106755. https://doi.org/10.1155/2023/1106755